En la esquina inferior izquierda de cada vista hay unas pequeñas estrías o líneas, con el mouse arrastrala hacia arriba y te abrira una nueva vista duplicando la actual, después debes cambiar el tipo a timeline, te dejo una captura de pantalla para que veas donde está cada cosa, nota, la zona circulada es el logo del timeline.

Archivo adjunto:

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  blender-bgImage4.png (12.74 KB)

Necesitas decirle a la textura que use el canal alpha, para ello debes activarlo en los influencers, en la sección de texturas, te dejo una imagen de como debe quedar.

Archivo adjunto:

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  blender-bgImage3.png (19.06 KB)

Debes cambiar la orientación del manipulador a normal, te dejo una captura para que veas donde. De todas formas al extruir lo hara de manera perpendicular a la cara.

Archivo adjunto:

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  blender-bgImage2.png (17.78 KB)

Supongo eso ya es más tema de nodos y edición de video, algo con lo que no me eh metido a fondo

Necesitas usar nodos para composición, cuando usas el tracking y le das click al botón de preparar escena te agrega unos nodos, revisa tu editor en la parte de composición, analiza como están y replícalo en tu escena.

te faltó activar la opción de sombras a la lámpara, abajo de la sección donde determinas la intensidad, color, etc está la de sombras, algunas lámparas (como el point) por default están configuradas para no emitir sombras, en esa sección están 2 botones, No Shadow y Ray Shadow, da click a Ray Shadow.

http://wiki.blender.org/index.php/Doc:2.6/Manual/Lighting/Shadows

La verdad es que ya andaba por aquí cuando llegó tu mensaje..
Sí, es un buen método, hacerlo todo en malla, es la manera más fácil y práctica, las curvas son para otro tipo de usos (cables por ejemplo), así tienes mayor control en como unir cada pieza.

El problema de esa línea oscura es por los normals de las caras, se ve así cuando unas caras apuntan para un lado y las otras para el otro, lo puedes solucionar seleccionando las caras de esa zona (aunque seleccionar todo es mejor idea) y presionando Ctrl + N, esto recalcula los normals de las caras y apunta todas hacia el mismo lado (usualmente hacia afuera).

En realidad ese tipo de cosas se modelan, aunque en el caso de los ojos lo que se hace es abrir un hoyo en la malla y no crear toda la orbita, luego colocas los ojos y ajustas la malla alrededor de ellos para que coincida, al extruir si puedes hacerlo hacia adentro, solo mueve el mouse en la otra dirección.

No eh visto tu archivo, pero estoy casi seguro que se trata de la asociación de huesos a vértices, como tenía el modificador activado cuando le agregaste los huesos los del lado izquierdo en vez de ligarse a los huesos de la izquierda lo hicieron a los de la derecha.